Dreamweaver MXにて、CMSDのコマンドを埋め込んだphpファイルが、勝手にUTF-8のエンコーディングに変更されてしまい、表示が文字化けする事があるようです。

未確認ではありますが、この現象はdreamweaverの不具合と思われます。

対処方法をこちらにまとめましたので、ご参照ください。
http://cms.al-design.jp/phpbb/viewtopic.php?t=191